Jalur zonasi adalah jalur yang disediakan bagi peserta didik perwakilan Kota Jayapura dan Kabupaten lainnya di Provinsi Papua yang dikenal sebagai Daerah Adat Mamta Tabi Saireri kecuali untuk NOAP, jalur zonasi hanya diperuntukkan bagi domisili Kota Jayapura.

Jalur afirmasi adalah jalur yang disediakan untuk peserta didik OAP yang kurang mampu secara ekonomi dan atau berkebutuhan khusus (inklusi) dan berada di Kota Jayapura.

Jalur Prestasi adalah jalur yang disediakan bagi peserta didik yang memiliki prestasi akademik dan non akademik. Hal tersebut dibuktikan dengan prestasi yang diterbitkan paling singkat enam bulan dan paling lambat tiga tahun sejak tanggal pendaftaran PPDB.

Jalur perpindahan tugas orang tua/wali peserta didik adalah jalur yang disediakan bagi peserta didik baik OAP maupun NOAP yang orang tua/wali berpindah tugas ke Kota Jayapura.

Jalur Kerjasama Kelembagaan adalah jalur yang disediakan untuk OAP atas kerjasama di antara Sekolah Negeri Khusus Sains dan Bahasa Papua dengan lembaga lain baik lembaga Pemerintah maupun lembaga swasta atas persetujuan Dinas Pendidikan Provinsi Papua.