Jalur domisili adalah jalur yang disediakan bagi peserta didik yang berasal dari perwakilan Kota Jayapura dan kabupaten lainnya di Provinsi Papua, yang dikenal sebagai Daerah Adat Mamta Tabi Saireri. Namun, untuk NOAP, jalur domisili hanya diperuntukkan bagi peserta yang berdomisili di Kota Jayapura.

Jalur afirmasi adalah jalur yang disediakan untuk peserta didik OAP yang kurang mampu secara ekonomi dan/atau memiliki kebutuhan khusus (inklusif) yang berdomisili di Kota Jayapura, atau melalui kerjasama kelembagaan dari dalam maupun luar Provinsi Papua.

Jalur prestasi adalah jalur yang disediakan bagi peserta didik yang memiliki prestasi akademik maupun non-akademik. Prestasi tersebut harus dibuktikan dengan surat keterangan atau sertifikat yang diterbitkan dalam jangka waktu paling singkat enam bulan dan paling lama tiga tahun sebelum tanggal pendaftaran PMB.

Jalur mutasi orang tua/wali peserta didik adalah jalur yang disediakan bagi peserta didik, baik OAP maupun NOAP, yang orang tua/walinya berpindah tugas ke Kota Jayapura.